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PubChem 是由美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护的免费化学数据库，它是全球最大、最全面的公开化学信息库之一，主要服务于生命科学和化学领域的研究人员、学生和教育工作者。

PubChem 由三个相互关联的核心数据库组成：
1. Compound 数据库（化合物）
这是经过计算机处理的标准化数据库。它将来自不同来源的同一分子进行归一化处理，生成一个唯一的、权威的条目（CID, Compound ID）。

2. Substance 数据库（物质）
这是一个信息库，存储了来自数百个数据提供者（如药企、学术机构、政府机构）的具体样品信息。
同一个化合物分子，可能因为来自不同的供应商、以不同的盐形式存在、或具有不同的纯度，而在Substance数据库中拥有多个条目（SID, Substance ID）。

3. BioAssay 数据库（生物活性）
这是PubChem最具特色的数据库之一，专门存储生物活性筛选实验的结果。
它包含了成千上万个高通量筛选实验（HTS）的数据，记录了哪些化合物（CID）在哪些实验（AID, Assay ID）中表现出了活性，以及活性的具体数值（如IC50, EC50, Ki值）。